L'origine du Fort Saint Jean remonte au XIIe siècle.
A l'époque des croisades, le site est concédé aux Hospitaliers de Jérusalem, qui s’y installent et élèvent leur commanderie pour acheminer les troupes vers la Terre Sainte.
Le Fort Saint Jean s'ouvre aujourd’hui au grand public avec la programmation d'expositions du Musée des Civilisations de l'Europe et de la Méditerranée
Le fort est relié au nouveau J4 par une passerelle de 115 mètres de long, une seconde passerelle, d’une longueur de 70 mètres, est dressée entre le port et le parvis de l’église Saint-Laurent dans le quartier du Panier, assurant ainsi une continuité dans le parcours urbain entre la partie la plus ancienne de la ville et les nouveaux équipements culturels rassemblés sur le boulevard du littoral.
Première visite